Sequencage genome Moso

[Cyrio]

Bonsoir, pour ceux que cela interesse, un lien des recents travaux (fevrier 2013) concernant le premier "brouillon" du genome de Phyllostachys heterocycla, ceci est un bon debut pour enfin percer les secrets du bambou (au moins du Moso) !
http://www.nature.com/ng/journal/v45/n4 ... .2569.html
Cyrio

[Smets Philippe]

inéressant de voir le travail effectué mais très très complexe

merci pour le link

[Xavier_72]

Merci de ce partage

très intéressant

[Tibocalamus]

Un travail qui se doit d'être fait, et qui mettrait un terme à bien des dénominations hasardeuses dans le monde du bambou.
Car les noms de formes, alors que ce sont juste des spécimens qui diffèrent légèrement dans leur apparence, les noms de cutivars, etc, mériteraient d'être vérifiés par autre chose que la simple étude du phénotype d'un seul spécimen, parfois.
Je le dis et je le répète. On est quelques uns dans mon entourage à être biologistes de formation et passionnés de bambous entre autres, et sérieusement, ça manque !
Tous les 5 ans, on change de genre botanique à la moitié des bambous connus, tellement l'identification en est difficile...

[maxalinei]

Oui le travail sur le génome du bambou est bienvenu.
La c'est moso et il y a plusieurs génomes chez les bambous.
Maintenant le séquençage est beaucoup plus rapide (et économique) donc d'ici pas très longtemps les histoires de classification devraient être réglé une fois pour toutes.
Apres faudra faire attention aux dérives productivistes....

[Tibocalamus]

Bah, de toute façon, on n'y échappera pas ! Qui dit industrie dit "dérives productivistes" !
Si des forestiers et certaines industries s'y mettent, forcément ça va devenir du lourd.
Mais ça ne nous enlèvera rien, à nous les collectionneurs !
Au contraire, si ça peut aider à identifier et acclimater les variétés les plus adaptées à certaines régions, tant mieux.

[Cyrio]

Juste une petite precision, ce sequencage n'a pas pour vocation premiere de classer les differents bambous dans le monde. Le sequencage reste une prouesse technique ou pour etre plus precis l'annotation du genome qui en decoule. Comme de nombreux biologistes le savent lors de ce type de travaux une quantite enorme de data est generes et doient donc etre analyses (par analogie avec d'autres especes dont les familles de genes ont ete decrites...) ce qui rend le travail precieux est donc l'analyse et pas uniquement le sequencage en lui meme. D'ailleurs tout n'est pas annote comme le mot draft (brouillon) l'atteste (il en est de meme pour le genome humain).
Dans ce travail, ils sont alles plus loin puisqu'ils ont compares des tissus de plantes "normaux" et en fleurs. Pour cela ils n'ont pas etudies l'ADN mais l'ARN ce qui permet de tirer une infos fonctionelle c'est dire de savoir quels genes s'expriment a un temps donne face a une condition donnee (ici le floraison). Ce papier decrit donc pour la premiere fois un possible lien entre le stress hydrique et la floraison.
Ils ont egalement etudies la duplication de genes et demontres la duplication de genes impliques dans la synthese de la paroi vegetale, ce qu'ils expliquent pas la necessite de ces genes de paroi de facon intense lors de la pousse rapide (et au combien impressionnante pour tous les passionnes) des turions...
Bref, bien que ce travail reste un brouillon beaucoup de nouvelles pistes sont mises a jour sur le biologie du bambous.
Pour ce qui concerne l'identification des especes sur base genetique de nombreux travaux ont deja etaient publies et ne necessite pas le sequencage complet, mais partiel du chloroplaste ou ribosome...
Cyrio

[Tibocalamus]

Oui, d'ailleurs je ne dis pas le contraire.
En général le séquençage a un but plus ou moins directement lié à l'industrie et financé par elle et/ou les fonds publics, vu le coût...
C'est pas le collectionneur passionné du coin qui peut se payer des recherches comme ça...
Mais à plus ou moins long terme ça se retrouve dans le domaine public, et donc exploitable pour un arbre phylogénétique.
L'analyse est faisable par beaucoup de monde si les données ont été recueillies (algorithmes et informatique aidant), tandis que le séquençage, il faut déjà quelqu'un à vouloir vraiment le faire : compétences techniques, matériel et financement du tout !
Et un séquençage complet, même s'il n'est pas vraiment nécessaire dans la plus grande partie des cas, est d'une grande utilité surtout dans le cas d'hybrides naturels qui sont monnaie courante chez les anémophiles et souvent difficilement détectables autrement que par la génétique, surtout que certains sont fertiles.
Sachant que les céréales sont déjà bien séquencées, et certaines sont très proches de nos bambous adorés, il ne reste plus qu'à !
(Il n'y a pas un mécène sur le forum, des fois ? )

[Invité]

Le professeur Hongchao m'a fait passer ce compte rendu et je dois avouer que je ne suis pas allé plus loin que le premièr chapitre. C'est trop complexe pour le simple pompier que je suis.
Mais en tout cas, il n'y a aucune volonté d'établir une base de données dans le but d'identifier formellement les bambous.
Il s'agit en fai de pouvoir faire pousser du Mao zhu plus au nord et plus au sud. C'est n peu résumé, mais c'est un des principaux intérêt de cette réunion de scientifiques et de spécialistes du bambous.

[Tibocalamus]

...Il s'agit en fai de pouvoir faire pousser du Mao zhu plus au nord et plus au sud. C'est n peu résumé, mais c'est un des principaux intérêt de cette réunion de scientifiques et de spécialistes du bambous. ...

Oui, et finalement, c'est très intéressant ! Les recherches qui ne concernent pas certains domaines leur servent parfois indirectement !

C'est trop complexe pour le simple pompier que je suis.

Enfin, pas si "simple pompier" que ça quand même...
De toute façon, peu de spécialistes comprennent absolument tout en lisant un rapport ou une étude comme celle-ci, mais on comble les trous avec le reste de sa culture universitaire et scientifique générale...
Certains acronymes, techniques ou protocoles m'échappent dans cette tartine, j'ai dû aller faire un tour sur pas mal de sites internet pour revoir mes lacunes et découvrir des choses que je ne savais pas du tout !

[apisbenoit]

Juste une petite precision, ce sequencage n'a pas pour vocation premiere de classer les differents bambous dans le monde.

c'est le mais qui va pousser plus vite

pour les amateurs d'ogm le bambou a des atouts intéressants
en général ce sont eux qui ont les moyens.