Fargesia et science

Vos bambous et vous ... Tout savoir sur cette herbe géante
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Cyrio
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Fargesia et science

Message par Cyrio » 10 janv. 2020, 21:16

Bonsoir à tous,

Je partage avec vous deux publications récentes concernant les bambous non traçants. Ces deux papiers ont été publiés en 2019 par des équipes chinoises. A ma connaissances il n'y a rien d'équivalent dans la littérature dans ce domaine.

Les références :

(1) https://doi.org/10.3389/fpls.2019.00981 et (2) https://doi.org/10.1007/s00606-018-1551-y

Le premier est plus "complet" que le second car une grande quantité d'ADN a été analysé mais a l’inconvénient de s'intéresser au matériel génétique du chloroplaste (ce qui permet la photosynthèse), tandis que le second prend des petits fragments d'ADN du noyau et du chloroplaste. Bref, place aux conclusions qui devraient nous permettre de mieux nommer nos bambous non traçants.

Exit les Borinda depuis 2002 en fait, c'est un synonyme de Fargesia

Plus de Yushania, Ils se retrouvent mélangés aux Fargesia dans l'analyse ci-dessous

Image

Le point fort de ces travaux est d'avoir associé données morphologiques avec l'information génétique. La forme des épillets est corrélées avec l'ADN. Ils expliquent notamment la présence de gaines foliaires sur les épillets pour les protéger du froid ainsi que leur forme (bon à savoir pour trouver des espèces trés résistantes au froid, bon ok, on ne les voit très souvent :)).

Les Fargesia et autres genres prochent sont divisés en 8 groupes :
Thamnocalamus : des espèces provenant du tibet et proche (F. crassinoda et F. damuniu)
Drepanostachyum + Himalayacalamus (F. ampullaris, F. semiorbiculata, F. gyirongensis et F. collaris)
Les 6 autres groupes (ou clades) sont lceux avec des spathes (des gaines foliaires qui englobent les epillets)
Fargesia (F. nitida, F. denudata, F. qinligensis, F. robusta, F. murielae, F. demissa, F. rufa, F. obliqua...)
Phyllostachys
Arundinaria fargesi (n'est pas vraiment classé dans ces travaux)
Ampelocalamus (A. calcareus et A. melicoideus)
Les apparentés aux Fargesia grossa (F. grossa, F. fungosa, F grossa et d'autres Fargesia mais aussi Yushania brevipaniculata, Y. violascens...)
Les apparentés aux Fargesia macclureana (F. hygrophila, F. albocera, F. macclureana, F. communis...)

A terme ces différents groupes seront surement divisés en autant de genre et il faudra refaire des étiquettes.

J'aurai aimé voir d'autres Fargesia comme le F. nivalis mais peut-être dans de prochains travaux et aussi l'analyse d'ADN de F. nitida de plusieurs localités (comme ceux collectés par Newfi) à mon avis on pourrait avoir des surprises :)

Si vous constatez des erreurs dans ce que j'ai compris, je suis preneur.

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 11 janv. 2020, 12:58

En fait les études sont faites selon les plants disponibles dans les "réseaux" de connaissances. Si les chercheurs du Shaanxi s'étaient associés avec des chercheurs du Sichuan et du Yunnan, on aurait eu beaucoup plus d’échantillons disponibles. Mais les Chinois sont des humains aussi et ils préfèrent parfois ne pas parler à leurs voisins !! La bonne nouvelle , c'est qu'il y a aussi dans ce secteur , un immense projet de reserve naturelle de plusieurs dizaines de milliers de km² à cheval sur trois provinces ( Gansu , Sichuan et Shaanxi) et qui sera une excellente chose pour les pandas et certainement aussi pour la recherche parce que des chercheurs qui se tournaient le dos vont devoir travailler ensemble.
Dans mes contacts , je dois parfois faire attention à ne pas évoquer telle ou telle personne d'une autre province qui n'est pas estimée dans la province où je suis!
et c'est dommage pour la science et ceux qui attendent des informations!
Surtout sur celle-ci que j'attendais depuis longtemps, j'avais compris qu'ils avaient eu accès à l'ensemble des bambous du Yunnan, du Tibet et du Sichuan. Mais non! et là on aurait pu avoir beaucoup plus de réponses avec des bambous que l'on a du mal à classer ; et pour l'instant je rejoins Demoly dans le classement en Yushania des bambous à cols longs
Concernant le genre Borinda, il n'a jamais fait l'unanimité et beaucoup ne l'ont jamais utilisé car la seule justification valable c'est surtout la validation de l'emploi de son créateur ( dixit d'autres botanistes jaloux de ne pas être employés par Kew!)
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Re: Fargesia et science

Message par Cyrio » 11 janv. 2020, 13:19

Ah oui, c'est intéressant comme information mais peu étonnant effectivement pour les collaborations entre Chinois.

Le Collaris qui est chez vous vient du même endroit que celui du papier (Zhangmu) ?

Il y a de quoi être occupé qqles années pour ramener toutes ces espèces en Europe déjà :)
Modifié en dernier par Cyrio le 11 janv. 2020, 16:16, modifié 1 fois.

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Re: Fargesia et science

Message par albert » 11 janv. 2020, 13:50

Messieurs merci pour ce grain à moudre.

Albert, te voilà au pied d'un beau mur, Toi qui voulais voyager, te voilà éparpillé. Yellow_Hot_Colorz_PDT_05
Premier raccourci ouvert, je commence à lire et toc, premier obstacle, je lis qu'il est question de "woody" bamboo, déjà une classification que je ne savais pas que cela existait. Oh, je ne suis pas étonné outre mesure. Quel sont les autres type de bambous, sans bois, mixte, autre ??

Le schéma est magnifique et bien fait et de bonne qualité d'image. Merci. Les bambous cités, vu le tri fait, ont donc fleuri récemment? Pour classer les "autres", il faudra donc forcément attendre une floraison?

Albert, arrête de bombarder des questions, tu nous saoules. :oops:

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 11 janv. 2020, 19:25

albert a écrit :
11 janv. 2020, 13:50
Messieurs merci pour ce grain à moudre.

Albert, te voilà au pied d'un beau mur, Toi qui voulais voyager, te voilà éparpillé. Yellow_Hot_Colorz_PDT_05
Premier raccourci ouvert, je commence à lire et toc, premier obstacle, je lis qu'il est question de "woody" bamboo, déjà une classification que je ne savais pas que cela existait. Oh, je ne suis pas étonné outre mesure. Quel sont les autres type de bambous, sans bois, mixte, autre ??

Le schéma est magnifique et bien fait et de bonne qualité d'image. Merci. Les bambous cités, vu le tri fait, ont donc fleuri récemment? Pour classer les "autres", il faudra donc forcément attendre une floraison?

Albert, arrête de bombarder des questions, tu nous saoules. :oops:
ils sont classés par rapport à la proximité de leur ADN pour faire court, c’est surprenant un arbre phylogénique car on trouve un arundinaria longiaurita pas si loin d'un Fargesia!
Les bambous autres que "woody" sont "herbaceous" , ce sont une multitudes de bambous herbacés qui pourraient encore plus nous mélanger s'ils pouvaient pousser sous notre climat métropolitain
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Re: Fargesia et science

Message par albert » 11 janv. 2020, 23:26

Grand merci Newfi pour ces compléments.
Pour les "herbaceous", je pense en avoir rencontré et identifiés en Guyane. Petite hauteur, chaumes hyper fins, l'Olyra obliquifolia, pour l'autre Olyra , le latifolia, lui est beaucoup plus woody. Identifié aussi un Parianan campestris, lui herbaceous, sans conteste.

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Re: Fargesia et science

Message par Cyrio » 12 janv. 2020, 20:06

Pour ce qui concerne les épillets, c'est une bonne question. Je suppose que les auteurs ont surtout utilisé des informations collectées par d'autres et disponibles dans la littérature et/ou dans les herbiers locaux.

Newfi, à propos de la nomenclature Yushania/Fargesia , le facteur longueur de cols n'est pas constant chez tous les Fargesia et Yushania étudiés dans l'étude. Ils expliquent ces longueurs intermédiaires chez Yushania (et Arundinaria) par des hybridations potentielles entre Fargesia et Arundinaria qui sont trouvées dans des biotopes identiques.
Bien que ce ne soit qu'une hypothèse, ce n'est pas une première chez les bambous.

Ce travail montre bien la limite des études morphologiques.

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Re: Fargesia et science

Message par VERDEL dominique » 12 janv. 2020, 23:40

JPD nous a habitué à une valse des étiquettes dans les collections (celles que je connais) et le cas Borinda est un épisode dans ces problèmes d'identification des bambous. Pour avoir lu rapidement -tout ça demande un minimum de concentration - un élément me saute aux yeux Arundinaria longiaurita (indocalamus) sa position parmi les FG .... mon A. longiaurita n'est pas le bon ? -ce qui est une possibilité mais que fait de bambou bien drageonnant dans ce groupe ?
Je reprendrai la lecture cet article avec les idées claires pour essayer de mieux comprendre .....

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 13 janv. 2020, 06:42

VERDEL dominique a écrit :
12 janv. 2020, 23:40
JPD nous a habitué à une valse des étiquettes dans les collections (celles que je connais) et le cas Borinda est un épisode dans ces problèmes d'identification des bambous. Pour avoir lu rapidement -tout ça demande un minimum de concentration - un élément me saute aux yeux Arundinaria longiaurita (indocalamus) sa position parmi les FG .... mon A. longiaurita n'est pas le bon ? -ce qui est une possibilité mais que fait de bambou bien drageonnant dans ce groupe ?
Je reprendrai la lecture cet article avec les idées claires pour essayer de mieux comprendre .....
non tu as très bien compris et ton A. longiaurita est bien le même ! les arbres phylogéniques classent les bambous selon la ressemblance de leur ADN.
Mais c'est aussi choquant pour moi de classer Yushania et Fargesia ensemble sans distinction car certainement Yushania sont bien plus traçant qu'A. longiaurita.
il faudrait un mixte entre les arbres Phylogéniques et les clés de détermination pour avoir un classement tenant compte de la proximité génétique et des critères morphologiques.
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Re: Fargesia et science

Message par VERDEL dominique » 13 janv. 2020, 07:46

Newfi. Merci pour ton avis ....Les botanistes sont rigoureux par principe mais l'erreur est humaine et le monde scientifique montre parfois des inepties, des conclusions fausses pour faire plaisir à des lobbies .....si tout était aussi rigoureux il y aurait moins de remises en question des clés de détermination......
Pour revenir à indocalamus longiauritus il ne pousse pas comme un yushania -Y. bolliana, maculata, anceps..... par exemple mais plutôt comme les arundinaria avec un développement rhizomateux assez important......même s'il est resté "en touffes" de nombreuses années maintenant il cavale .....
Une autre interrogation c'est arundinaria fargesii (bashania). Je trouve interessant sa mise "à part" parce qu'il a des caractères et comportements assez différents -découvert chez TG début années 90 ou il avait prit un développement spectaculaire, celui installé à proximité du lit de rivière à Aubonne a également explosé. Nous avions importé de Chine en +/- 1995 Bashania fangiana (arundinaria) qui envahit mon jardin et je trouve une certaine similitude avec fargesii en moins imposant......une espèce de mini fargesii....Qu'en penses-tu ?

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 13 janv. 2020, 11:10

Oui je suis d'accord avec toi Dominique, ça me titille un peu de voir un Arundinaria si proche de Fargesia.... mais d'après les scientifiques l'ADN ne ment pas! L'hypothèse de mutations successives qui aurait permis de s'adapter me parait plausible.
Pour ma part je m'expliquerais que les Yushania aient pu développer du rhizome sympodial mixé pour mieux s'adapter au sols très accidentés où il y a peu de sol et où le bambou à besoin de s'accrocher aux rochers et que des bambous poussant dans des sols moins pentus et plus profond aient au contraire pu développer du rhizome monopodial .
Et ce besoin de mutation aurait pu se faire sentir par la possibilité ou non de se reproduire sexuellement pour coloniser le terrain. Par exemple , les bambous du Yunnan qui fleurissent quasiment tous chaque année sont quasiment tous cespiteux ( tropicaux ou tempérés), comme le climat leur permet de fleurir chaque année , pas besoin de faire du rhizome pour allait visiter plus loin! Hors dans d'autres climats plus frais en hiver où c'est moins fiable de laisser tomber des graines.... on allonge les rhizomes!
Voilà une hypothèse posée là comme ça! :D

Concernant ton A. fangiana, il me semble qu'il a les feuilles plus étroites que fargesii. Pour ma part les deux que j'ai du mal à distinguer , c'est A.qingchengshanensis et fargesii; ils sont tellement présent dans les montagnes du Sichuan qu'on a du mal à savoir qui est qui , sauf quand il dépasse les 6 mètres de haut car là on est sûr qu'il s'agit de fargesii qui lui peut devenir géant ( 13 mètres), il parait que les épillets sont différents aussi , mais je n'ai jamais vu de fleurs.
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Re: Fargesia et science

Message par Cyrio » 13 janv. 2020, 13:44

Juste pour compléter et argumenter :

Tout d'abord les informations données par l'ADN uniquement ne veulent rien dire. Tous les papiers récents associent morphologies et ADN.

C'est ce qu'ils ont fait ici d'ailleurs :

Image

J'ai zoomé sur l'analyse qui concerne la longueur des rhizomes :

Image

On voit que Fargesia canaliculata et Yushania confusa sont très proches. La question est : avons-nous ces espèces en culture ? Et en étant plus pervers, sommes-nous certains d'avoir correctement identifié les espèces que nous avons en culture ? La classification de ces espèces est-elle bien faîtes ?

Nous avons un bel exemple d'erreur récente entre Fargesia et Yushania si je ne me trompe pas. Yushania velutina a été mal identifié par JPD, comme une nouvelle espèce, qu'il a donc choisi de décrire sous ce nom. Or il s'est avéré qu'elle correspondait à un Fargesia... Pourtant si on s'en tient à la définition des rhizomes longs et courts il est à placer où ?

J'aime bien l'hypothèse des floraisons/rhizomes pachymorphes. Mais comment expliquer dans ce cas la grande distribution de plantes comme le F. nitida ?

La longueur des rhizomes c'est qu'un caractère morphologique après tout.

Sur un projet que j'ai sur des arthropodes, deux populations d'animaux distantes de 200Km n'ont aucune différence morphologique mais des couleurs différentes. La couleur n'est pas considérée comme un caractère pertinent chez ce groupe d'animaux (pourtant ça se discute, mais comme les spécimens sont conservés dans l'alcool, les couleurs disparaissent...). Les deux populations sont considérés jusqu'à présent comme appartenant à la même espèce. L'ADN est cependant différent, faiblement sur le gène utilisé, mais différent. Ce cas peut-être considéré comme une espèce cryptique. Mais souvent la limite est le nombre de critères morphologiques à prendre en compte.

Dans ce papiers ils s’intéressent aux rhizomes, épillets inflorescences... notre limite est juste savoir quoi regarder.

L'ADN est un outil supplémentaire qui aide à orienter des classifications.

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 13 janv. 2020, 16:00

Jusque là je me réfèrais aux travaux du Pr Hongchao Tan et toute son école qui classifie les rhizomes en cinq type; s'ils avaient collaboré avec cette recherche , on aurait pas une telle proximité entre A.faberi et Fargesia sp. et albocerea.
En fait , 'j' ai peur que chaque chercheur mette au point un système qui lui soit propre et que l'on ne s'y retrouve pas dans les classifications alors que les recherches progressant sue l'ADN laissaient espérer des certitudes.
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Re: Fargesia et science

Message par albert » 13 janv. 2020, 16:08

Quelqu'un peut essayer de m'expliquer simplement la lecture de ces schémas, ou me donner un raccourci qui m'aiderait à comprendre? Merci

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Re: Fargesia et science

Message par Newfi » 13 janv. 2020, 17:50

c'est un principe de classement par point commun; dans le dernier tableau agrandi on part du principe qu'ils ont tous du rhizome et ils sont classés par longueur , en haut du tableau on voit logiquement des bambous qui ont des longueurs de rhizome très courtes et qui sont considérés comme assez proches , avec l'ensemble des données classés sur les autres arbres ils ont définis ce classement et ces regroupements qui sont assez difficiles à admettre comme ça à première vue , mais je ne dispose pas de suffisamment de connaissances scientifiques pour aller loin. ( Surtout que les morphologies des rhizomes sont différentes mais est-ce que l'analyse de l'ADN permet de ne pas tenir compte de ces "détails" . )
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